变造国家机关证件罪最新立案标准是：只要犯罪嫌疑人存在伪造或者变造国家机关证件的行为就需要立案追究相关法律责任， 法律上对于本罪的认定是属于行为犯罪，具体情况可以基于后果量刑。

一、 变造国家机关证件罪最新立案标准是什么?

变造国家机关证件罪最新立案标准是：本罪是行为犯，只要行为人实施了伪造、变造或者买卖国家机关公文、证件、印章的行为，原则上就构成犯罪，应当立案追究。伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪，是指非法制造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章的行为。本罪侵犯的客体是国家机关的正常管理活动和信誉。国家机关制作的公文、使用的印章和证件是其在社会的一定领域、一定方面实行管理活动的重要凭证和手段。任何伪造、变造、买卖国家机关的公文、证件、印章的行为，都会影响其正常管理活动，损害其名誉，从而破坏社会管理秩序。

二、有关行政法规

《进出口商品检验法》第二十七条 伪造、变造商检单证、印章 标志、封识、质量认证标志，构成犯罪的，对直接责任人员比照 刑法第一百六十七条的规定追究刑事责任;情节轻微的，由商检 机构处以罚款

《野生动物保护法》第三十七条 伪造、倒卖、转让特许猎捕证拧猎证、驯养繁殖许可证或者允许进出口证明书的，由野生动物 行政主管部门或者工商行政管理部门吊销证件，没收违法所得，可以并处罚款。

伪造、倒卖特许猎捕证或者允许进出口证明书，情节严重、构成 犯罪的，比照《刑法》第一百六十七条的规定追究刑事责任。

《对外贸易法》第三十九条 伪造、变造进出口原产地证明、进出口许可证，依照《刑法》第一百六十七条的规定追究刑事责任;买卖进出口原产地证明、进口许可证或者买卖伪造、变造的进出口原产地证明、进出口许可证，根据《刑法》第一百六十七条的规定追究刑事责任。 单位犯前款罪的，判处罚金，并对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依照或者对照《刑法》第一百六十七条的规定追究刑事责任。

《森林法》第四十二条第二款 伪造林木采伐许可证、木材运输证件、批准出口文件、允许进出口证明书的，依法追究刑事责任。

《核出口制条例》第十八条 伪造、变造、买卖核出口许可证的，依法追究刑事责任。

以上就是我国法律上明确规定的变造国家机关证件罪的最新立案标准，相关事项处理，是可以依据不同的涉案事实来进行处理的，具体情况下可以基于不同的标准来进行判决处理，对于未达到立案标准的， 可以根据行政法规进行处理。