检察院两次退侦案件后会按照不起诉处理。对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。因此，对于第一次补充侦查起诉的案件，如果侦查机关无法提供更多证据的，可以选择撤案处理。

一、检察院两次退侦案件怎么处理?

人民检察院在办理审查起诉案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查。补充侦查以二次为限，每次不超过一个月。对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。因此，对于第一次补充侦查起诉的案件，如果侦查机关无法提供更多证据的，可以选择撤案。对于第二次补充侦查的案件，检察机关不能再退回公安机关，应该做出起诉或不起诉的决定。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

二、补充侦查的情形有哪些?

1、审查起诉阶段的补充侦查

《刑事诉讼法》第171条规定：“人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。补充侦查以2次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。 ”

2、法庭审理阶段的补充侦查

根据《刑事诉讼法》第198条规定和第200条的规定，在法庭审理过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，并提出补充侦查建议的，人民法院可以延期审理，补充侦查应当在1个月以内完毕。

另外，根据《刑事诉讼法解释》第一百五十九条规定合议庭在案件审理过程中，发现被告人可能有自首、立功等法定量刑情节，而起诉和移送的证据材料中没有这方面的证据材料的，可以建议人民检察院补充侦查。

综上所述，检察院在审查案件的时候，对于证据不足，可以退回给公安机关。对于补充侦查的，两次为限，经过第二次退回的，检察院不予起诉。这个时候，公安机关应该撤案处理。因此，公安机关在补充侦查阶段要尽量的收集犯罪证据，来证实犯罪事实。