单位犯罪处罚原则包括两罚制、单罚制两种，对于适用第一种原则的情形，法院一般是判处单位支付罚金，然后判处单位违法活动的主要负责人承担有期徒等的处罚。若是适用第二种原则，那么一般是只处罚自然人，不处罚单位。

一、单位犯罪处罚原则是什么?

单位犯罪处罚原则具体如下：

(一)单位犯罪的两罚制

《刑法》对单位犯罪在绝大部分情况下采取两罚制。在两罚制中，对单位是判处罚金，判处罚金采取无限额罚金制，即对罚金的数额未作规定。

在两罚制中，对直接负责的主管人员和直接责任人员是判处刑罚，这里的刑罚包括自由刑与罚金，主要是自由刑。对个人判处自由刑的，又有以下两种情况：

(1)在绝大多数情况下，判处与个人犯罪相同刑罚。例如《刑法》第220条规定：“单位犯本节第二百一十三条至第二百一十九条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照本节各该条的规定处罚。”这里所谓依照本节各该条的规定处罚，就是指依照对个人犯罪的规定处罚。

(2)在少数情况下，判处低于个人犯罪的刑罚。例如个人犯受贿罪的，最重可以判处死刑，但根据《刑法》第387条规定：“国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，索取、非法收受他人财物，为他人谋取利益，情节严重的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。”由此可见，在单位犯受贿罪的情况下，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处的刑罚远轻于个人犯受贿罪的情况。

(二)单位犯罪的单罚制

《刑法》在某些情况下规定了单位犯罪的单罚制，即只处罚自然人而不处罚单位。例如《刑法》第396条规定：“国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，违反国家规定，以单位名义将国有资产集体私分给个人，数额较大的，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金; 数额巨大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。”这里《刑法》规定的犯罪主体是国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，但只处罚直接负责的主管人员和其他直接责任人员，而不处罚单位。

二、相关法律规定

《刑法》

第三十条 公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会的行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任。

第三十一条 单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。

单位犯罪适用哪种处罚原则，与单位是否是犯罪主体有关，具体来说，若是司法机关在侦查案件之后，发现是在单位就职的职员，违规利用单位的名义，实施的犯罪行为，此时就可以认定单位并不是犯罪主体。