预防超期羁押的方法有：加强对超期羁押危害性的认识、规范执法行为、加强监督力度、强化司法机关的配合情况。超期羁押显然是构成了司法机关的违法行为，需要按照相关法律规定进行合法的处理，对于造成人员损失的还需要对相关责任人进行追责。

一、预防超期羁押的方法有哪些?

(一)充分认识超期羁押问题的危害性，转变思想观念。超期羁押犯罪嫌疑人、被告人不仅影响政法机关执法严肃性，妨害刑事诉讼活动的顺利进行，还严重侵犯了犯罪嫌疑人的合法权益，是造成司法不公的一个重要原因。要进一步提高办案人员对超期羁押的认识，转变思想观念，把严格、公正执法作为各级政法机关的首要任务来抓。政法机关必须进一步端正执法思想，提高办案人员依法办案的自觉性，深入学习刑事诉讼法、行政诉讼法、国家赔偿法等适用法律法规。强化法制观念，增强程序法的意识，杜绝“重实体、轻程序”的错误思想，对法律高度负责，牢固树立证据意识、时效意识、赔偿意识及人权意识。

(二)加强制度建设，规范执法行为，实现各项执法工作的制度化、正规化。一是认真实行换押制度，防止超期羁押犯罪嫌疑人、被告人，各级办案机关要认真执行换押制度，尤其是移送单位必须立即将换押证复印件或传真给看守所，接案单位应在接案后三日内及时到看守所换押;二是对羁押期限实行登记催办制度，准确掌握每一个被羁押人员的诉讼阶段和诉讼期限，将被羁押人员不同诉讼阶段的法律手续和羁押期限进行必要的登记，登记必须及时、准确、详细。催办制度是对即将超期的案件，由看守所催促办案单位及时予以办结或移送的一项制度;三是建立超期羁押处罚办法，制订《超期羁押追究责任办法》，把超期羁押与各政法机关的执法质量考核挂钩，把依法办案作为各部门年终工作考评的一项重要内容，实行奖惩兑现。

(三)强化监督制约机制，加大执法临督力度。一是加强各单位及其内部监督。发挥法制、纪检监察和看守所监督制约作用，形成办案部门相互制约机制，杜绝不按规定审批延长羁押期限，防止超期羁押犯罪嫌疑人、被告人。二是检察机关要加强法律监督，驻所检察室要充分履行监督职能，对超期羁押的发现一件纠正一件，并定期通报，加大法律监督力度。三是各单位要对被押的犯罪嫌疑人、被告人实行跟踪监督，并制定催办、纠正超期羁押方面的制度和措施，并与纪检、监察部门协调，从根本上促进办案人员严格依法办案。

(四)加强公、检、法部门的协调配合。公、检、法各部门进行刑事诉讼活动分工负责，相互配合，相互制约，确保有效地执行法律，保证刑事诉讼活动的顺利进行，共同努力杜绝和根除超期羁押现象，树立政法机关在人民群众中的良好形象，促进社会主义法制建设。

二、出现超期羁押的原因

1、犯罪嫌疑人数地作案，取证点多线长，作案次数特别多，久查不清。

2、犯罪嫌疑人明确，但证据不足，难以结案。有的案件中犯罪嫌疑人很容易确定，但调查收集证据困难，阻碍了案件的侦查终结，客观上也就使犯罪嫌疑人羁押期限超出法律规定的范围。

3、疑难案件向上级请示未能及时地得到答复。遇到疑难案件，一般都须向上级领导请示。但实际中有些疑难案件各方原因错综复杂，牵涉面较多，上级领导未必能及时地作出答复。这样案件在诉讼过程中必然受阻，造成超期羁押现象的发生。

4、同案犯在逃，在押犯的犯罪事实不清，影响结案。

5、办案经费不足，影响证据的及时调取，从而无法结案。而有的案件因办案经费不足，致使证据无法及时得以固定和收集，有的证据甚至因此而灭失。

司法机关在进行司法案件的审理调查时，需要按照相关审理的期限来进行处理，如果超出审查处理的期限没有对相关事项作出认定的，则需要对当事人进行释放或者作出说明，如果当事人遇到超期羁押的情况可以向上级司法机关申请行政复议。