商人申请国家赔偿后遭逮捕只要没过诉讼时效是完全可以向法院提起赔偿申请的，而且遭逮捕属于意外情况，是有正当理由可以申请诉讼时效的中断的，当事人完全可以据此来保障自己的合法权益，必要时可以向专业的律师寻求帮助。

国家赔偿是指对于国家法院审判的案件或国家司法机关所做的行政或刑事处罚所做不当而导致当事人出现损失，而国家出于各方面考量而对当事人进行相应程度的赔偿的程序，那么如果商人申请国家赔偿后遭逮捕后还有效吗？

《国家赔偿法》第九条第二款：赔偿请求人要求赔偿应当先向赔偿义务机关提出，也可以在申请行政复议和提起行政诉讼时一并提出。补充：第十二条要求赔偿应当递交申请书，申请书应当载明下列事项：

（一）受害人的姓名、性别、年龄、工作单位和住所，法人或者其他组织的名称、住所和法定代表人或者主要负责人的姓名、职务；

（二）具体的要求、事实根据和理由；

（三）申请的年、月、日。 赔偿请求人书写申请书确有困难的，可以委托他人代书；也可以口头申请，由赔偿义务机关记入笔录。

补充：第十九条第三款：对没有犯罪事实的人错误逮捕的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。 第二十六条侵犯公民人身自由的，每日的赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算。 第三十二条赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自国家机关及其工作人员行使职权时的行为被依法确认为违法之日起计算，但被羁押期间不计算在内。

赔偿请求人在赔偿请求时效的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止。从中止时效的原因消除之日起，赔偿请求时效期间继续计算。

受害人向赔偿义务机关申请赔偿，赔偿义务机关应在两个月内决定是否赔偿。赔偿义务机关逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，根据行政赔偿、刑事赔偿的不同情况，国家赔偿法规定了不同的程序。属于行政赔偿的，可以向人民法院提起诉讼。属于刑事赔偿的，赔偿义务机关是人民法院的，赔偿请求人可以直接向其上一级人民法院赔偿委员会申请赔偿；赔偿义务机关是人民法院以外的公安、安全、检察机关的，赔偿请求人需要先向赔偿义务机关的上一级机关申请复议，赔偿请求人不服复议决定或复议机关逾期不作决定的。再向复议机关所在地的同级人民法院的赔偿委员会申请赔偿。

在国家赔偿程序中，行政赔偿与刑事赔偿另一个重大区别是在审理机构方面，行政赔偿适用行政诉讼法的行政诉讼程序，由人民法院的行政审判庭审理；刑事赔偿则是由人民法院特别设立的赔偿委员会审理。按照国家赔偿法规定：“中级以上的人民法院设立赔偿委员会，由人民法院三名至七名审判员组成。”这是因为刑事赔偿涉及的国家机关较为复杂，其中，既有主持赔偿争议解决的人民法院，也有对法律实施进行监督的人民检察院。

人民法院既是赔偿义务机关，又是主持解决赔偿争议，决定是否赔偿的机关。尽管主持解决赔偿争议的人民法院和履行赔偿义务的人民法院并非同一个人民法院，但他们毕竟同在人民法院系统，这似乎有悖于“任何人不得为自己案件的法官”这古老的公正法则。同时，人民检察院本是对法院审判活动实行监督的机关，而在刑事赔偿中。人民检察院则要作为当事人接受人民法院的审判。这些特殊情况决定了刑事赔偿不能作为一般的案件对待，由人民法院既设的任何一个审理机构处理。因而，国家赔偿法确定了刑事赔偿由人民法院特设的赔偿委员会来处理。

根据以上的规定可以知道，商人申请国家赔偿后遭逮捕只要没过诉讼时效是完全可以向法院提起赔偿申请的，而且遭逮捕属于意外情况，是有正当理由可以申请诉讼时效的中断的，当事人完全可以据此来保障自己的合法权益，必要时可以向专业的律师寻求帮助。