直接起诉，或者退回公安机关重新侦查。在审查起诉阶段，发现有新的罪行，检察院会根据所掌握的证据进行审查，能够确定犯罪事实的，直接可以起诉，无法确定犯罪事实的，可以退回公安机关侦查。

一、审查起诉中发现新罪的怎么处理

可以直接起诉，或者退回公安机关补充侦查，检察院在审查起诉阶段发现有新的犯罪事实，在事实清楚、证据充分的情况下，可以直接起诉，证据不充分的，可退回公安机关重新侦查。

根据《刑事诉讼法》第一百七十一条：人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

二、刑事案件审查起诉的程序

1、由案件承办人负责审查案件的管辖、审查随案移送的文书和证据材料，并作出适当处理。

2、审查案件的事实和证据以及法律的使用。应当认真审阅案件材料，包括诉讼文书和各种证据材料，仔细审查案件中的疑点和难点，得出正确的结论。

3、复核与案件有关的事实和证据。审查起诉应当讯问犯罪嫌疑人，应当听取被害人和嫌疑人、被害人委托的人的意见。必要时，应当直接讯问证人、或者重新进行鉴定、堪验和检查。

4、审查过程中，可以要求公安机关提供法庭审判所必须的证据材料，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行补充侦查。

5、承办人审查后，应提出起诉或不起诉意见，报刑事检察部门负责审核，刑检部门负责人提出审核意见后，应报检察长或检察委员会决定。

三、审查起诉判断证据的标准

1、从证据的“合法性”来审查，主要审查证据是如何形成的、是由谁提供或收集的，收集的方法是否正确，证据的形成与收集是否受到主客观因素的影响。具体地说就是要审查有关人员是否出于不良动机，提供虚假的证据;有关人员是否因认识上、表达上等原因，提供了不实的陈述;侦查人员收取证据的手段是否正确、合法，固定保管证据的方法是否科学等。

2、从证据的“客观性”来审查，就是要审查判断证据所反映的事实与待证的案件事实是否存在着客观的内在联系，有什么样的联系，能证明案件中的什么问题，内容本身是否合理，有无矛盾，即证据的内容是否客观真实。

3、从案件各种证据的“关联性”来审查，对同一的证据，要审查其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾。如当事人就同一事实做过几次陈述、证人在几次询问中就相同的问题提供的证言，应当对他们前后所做的陈述、提供的证言联系起来进行分析研究，看其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾，如有矛盾，就不能轻易采信，而应查明矛盾出现的原因。

在审查起诉阶段，发现了新的罪行，检察院应当制作补充侦查提案，并退回公安机关补充侦查，如果证据充分，检察院可自行侦查，并且可以联合公安机关一起侦查。新罪行的定罪依据是证据的有效性，在犯罪事实清楚的情况下，可以重新定罪。