公安机关办理故意伤害的程序是：首先公安机关在立案之后进行调查取证，其次在对案件进行处理等。故意伤害罪中的伤害，并不包括轻微伤害在内，在一般情况下，对被害人造成的损伤是轻伤还是轻微伤，决定了对人应否追究刑事责任。

故意伤害案件办理流程：公安立案后展开调查，包括现场勘察(提取、固定客观物证比如凶器)，询问相关证人、对被害人进行法医学损伤鉴定(如果对鉴定结果有疑义可以重新鉴定)，讯问犯罪嫌疑人(如果到案的话)并对其采取强制措施(一般是取保侯审或刑事拘留)之后是报捕、批捕后移诉(取保侯审后不必逮捕可直接移诉)。

公安机关办理故意伤害案件程序规定是公安机关的管辖区域、执法人员的前置处理、勘验、检查、鉴定、调查取证、案件处理、责任追究;故意伤害罪，是指故意地非法损害他人身体健康的行为。中国《刑法》中侵犯公民人身权利、民主权利罪的一种。

重伤及因伤害致人死亡的案件由公安机关刑事侦查部门管辖。伤情不明、难以确定管辖的，由最先受理的部门先行办理，待伤情鉴定后，按规定移交主管部门办理。

因管辖问题发生争议的，由共同的上级公安机关指定管辖。被害人有证据证明的故意伤害(轻伤)案件，办案人员应当告知被害人可以直接向人民法院起诉。如果被害人要求公安机关处理的，公安机关应当受理。

人民法院直接受理的故意伤害(轻伤)案件，因证据不足，移送公安机关侦查的，公安机关应当受理。

接到伤害案件报警后，接警部门应当根据案情，组织警力，立即赶赴现场。对正在发生的伤害案件，先期到达现场的民警应当做好以下处置工作：

(一)制止伤害行为;

(二)组织救治伤员;

(三)采取措施控制嫌疑人;

(四)及时登记在场人员姓名、单位、住址和联系方式，询问当事人和访问现场目击证人;

(五)保护现场;

(六)收集、固定证据。

公安机关办理伤害案件，现场具备勘验、检查条件的，应当及时进行勘验、检查。伤害案件现场勘验、检查的任务是发现、固定、提取与伤害行为有关的痕迹、物证及其他信息，确定伤害状态，分析伤害过程，为查处伤害案件提供线索和证据。办案单位对提取的痕迹、物证和致伤工具等应当妥善保管。

公安机关对伤害案件现场进行勘验、检查不得少于二人。勘验、检查现场时，应当邀请一至二名与案件无关的公民作见证人。勘验、检查伤害案件现场，应当制作现场勘验、检查笔录，绘制现场图，对现场情况和被伤害人的伤情进行照相，并将上述材料装订成卷宗。

人身伤情鉴定文书格式和内容应当符合规范要求。鉴定文书中应当有被害人正面免冠照片及其人体需要鉴定的所有损伤部位的细目照片。对用作证据的鉴定意见，公安机关办案单位应当制作《鉴定意见通知书》，送达被害人和违法犯罪嫌疑人。

在我国的刑事案件的处理中，我国的法律法规对于故意伤害案件的处理是十分严格的，我国的法律法规对于执法人员的处理程序，也是出了相关的规定，此时执法人员是必须要按照规定的程序来进行，这也是为了保障每一起案件都是真实有效的。