菌痢最常见的症状是腹痛、腹泻，其特点是以左下腹痛为主，隐隐作痛，持续存在，但便后可以减轻。由于每个人对疼痛的耐受力和反应性不同，病情轻重也不同，所以部分患者的腹痛可以很严重，痛得面色苍白，四肢发凉，而部分患者则无明显腹痛。腹泻的特点是便次十分频繁，每次量少，有时少至只有几滴，总有便意，有下坠感。多数腹泻初为稀水便，后转为粘液便或脓血便，以脓为主，少数为血水便。大部分患者有发热，常为首发症状，热度可高可低，持续2～3天。除此之外，尚有全身不适、食欲下降，或有恶心、呕吐等。部分患者，尤其老年及儿童，容易发生脱水、酸中毒和电解质紊乱，甚至发生休克。在急性菌痢时，白细胞总数与嗜中性白细胞多数增高。本病只要治疗及时得当，大多在1～2周内痊愈。但老年患者可加重原有心血管疾患，甚至发生危险。对儿童有发生中毒性痢疾者，应加警惕。少数病例可以变为慢性。