建构《内经》理论体系的方法很多,其中整体的方法、系统的方法、辩证的方法,可以认为是《内经》方法的最高层次。在这些哲学方法指导下,《内经》采用了司外揣内、援物比类、直觉领悟、揆度奇恒等独具特色的方法。所谓司外揣内,又称“以表知里”,即通过事物的现象、征象来把握内在本质的方法。

　　所谓援物比类,又称“取象比类”,即在掌握大量感性材料的基础上,通过把两个或两种不同的事物或现象联系起来加以比较,找出它们之间类似或共同的地方,然后把已知的某一事物或现象的知识和理论推论到与之相类似或有共同现象的事物,也可能具有相同的知识和结论。

　　所谓直觉领悟,属于非逻辑性的思维方法,是在对研究对象深刻感受的基础上,获得某种灵感,突然领悟到某种普遍形式的客观规律。所谓揆度奇恒,就是用比较的方法揣度、测度事物的正常（恒）和异常（奇）。