近年来，随着免疫学的发展，人们关于免疫因素与慢性萎缩性胃炎关系的认识亦有所深入，相继发现了三个有意义的抗体，即内因子抗体（IFA）、壁细胞抗体（PCA）及胃泌素分泌细胞抗体（GCA）。内因子抗体（IFA）与慢性萎缩性胃炎恶性贫血关系密切，其在A型萎缩性胃炎的血液、胃液及唾液中均可检出。其可分为两型：Ⅰ型为阻断型抗体，能阻滞B12在胃内与内因子（IF）结合，致使VitB12不能吸收；Ⅱ型为结合型抗体，作用于内因子与VitB12的结合物，使其在肠内不能被吸收。恶性贫血病人血清中Ⅰ型抗体检出率为38%～70%（平均53%），Ⅱ型抗体为11.5%～40%（平均27.9%），Ⅰ型比Ⅱ型抗体效价高且作用强。实验证明胃液中IFA能阻碍IF与VitB12结合，致使VitB12不能吸收而致恶性贫血。Strickland报道140例A型萎缩性胃炎，其中9例IFA阳性，数年后有5例发生恶性贫血，B型萎缩性胃炎30例无1例IFA阳性。此外，Irvine等在A型萎缩性胃炎患者中发现壁细胞抗体（PCA），它不与幽门、十二指肠、回肠及结肠粘膜起反应，而只与胃体腺壁细胞起反应，是一种器官特异性抗体，是属免疫球蛋白IgG，一部分属IgA；存在于血中的大部分为IgG，胃液中的大部分为IgA。萎缩性胃炎伴恶性贫血患者的PCA阳性率最高为55%～95%，一般萎缩性胃炎不合并恶性贫血者则较低，为23.6%～62.5%，但国内报道甚低，约11%左右。Strickland认为A型萎缩性胃炎为自身免疫疾病，由于PCA与壁细胞发生自身免疫反应，引起壁细胞萎缩，盐酸分泌减少；B型萎缩性胃炎不属于自身免疫疾病，可能由于其他因素如胆汁反流、酒精等因素引起胃窦炎。Nandeli用B型萎缩性胃炎的胃粘膜作用于各种自身免疫抗体发现了GCA。实验证明GCA为G细胞浆的特殊自身免疫抗体，属IgG系，具有补体结合能力。说明B型中有一部分患者，其病变与G细胞自身免疫有关。此外，有人报道，萎缩性胃炎的胃上皮细胞普遍可见淋巴细胞，有些病例观察到淋巴细胞有丝分裂或伪足，导致邻近壁细胞质膜溶体现象，说明在发病过程中可能有细胞免疫机制参与，值得重视。综上所述，内因子抗体（IFA）、壁细胞抗体（PCA）、胃泌素分泌细胞抗体（GCA）的发现及细胞免疫存在，均说明了免疫因素与慢性萎缩性胃炎发病相关。
　　人们根据自身免疫现象的有无，将萎缩性胃炎分为两大类：凡是具有自身免疫现象者属于自身免疫性胃炎，另一类属非自身免疫性胃炎。前者又有三种情况：①有恶性贫血，PCA和IFA阳性萎缩性胃炎；②一般的PCA阳性萎缩性胃炎；③GCA阳性萎缩性胃炎。
　　那么免疫因素又是如何致使本病胃粘膜萎缩呢?根据Tanaka及Glass修改的意见，下列假设步骤可以考虑：①各种原因引起的胃粘膜损伤释放抗原，并使免疫细胞致敏，产生延迟过敏反应，并有炎症发生；②发生体液免疫反应，在胃壁及局部淋巴结产生PCA，循环的PCA见于胃液、胃粘膜及血清中；③PCA到达壁细胞，在该处形成抗原-抗体-补体复合物，并激活补体，产生趋化因子，吸引中性粒细胞至该处，释放溶酶体酶，对细胞有损害作用；④这种反应使壁细胞的成熟及增殖发生障碍，壁细胞群减少，酸分泌亦减少，细胞碎片再成为自身抗原，使胃粘膜不断遭受损害。萎缩的腺体代之以肠上皮化生或幽门腺化生，直至发生胃萎缩。