本病的主要病理变化在于小肠粘膜，其病变的程度和范围有很大的差异，表现为小肠粘膜绒毛萎缩、变平、变形，甚至消失，表层环状细胞减少，上皮下层有炎性细胞增多和腺体增生，粘膜柱状上皮细胞变低平，胞浆有空泡，核大小不一，微绒毛模糊不清。有些病例粘膜粗厚，呈慢性炎变，绒毛仍存在，但杂乱无章，肠腔可有不同程度扩大。

　　肠粘膜细胞的酶分泌减少，如二糖酶、二肽酶、脂酶、磷酸酶以及脱氢酶，肠液及肠道激素分泌亦减少。因此，不但肠粘膜吸收面积减少，吸收功能减低，酶的活性也下降，消化食物的功能亦减低，病人每天丢失大量脂肪、蛋白、糖、水分和盐类，以致引起以腹泻为主的各种相应临床症状。