手术并发症主要有术后鞍内血肿、鼻衄（假性动脉瘤破裂出血）、脑脊液鼻漏、脑膜炎、垂体功能低下、尿崩症（绝大多数为一过性）、水电解质紊乱、眼肌麻痹、鼻中膈穿孔等。国外报道20世纪初经颅垂体腺瘤手术死亡率在10%以上。手术并发症在广泛开展经蝶窦术式后明显减少，死亡率不超过2.5%。