抗凝治疗的持续时间因人而异。一般口服华法林的疗程至少为3~6个月。部分病例的危险因素短期可以消除，例如服雌激素或临时制动，疗程可能为3个月即可；对于栓子来源不明的首发病例，至少要6个月的抗凝；对复发性肺栓塞或危险因素长期存在者，如癌症患者、抗心脂抗体综合征、抗凝血酶缺乏、易栓症等，抗凝时间应更为延长，达12个月以上，甚至终生抗凝。