肺栓塞急性期的病死率较高，发病1小时内猝死11%，总死亡率为32%，急性肺栓塞的病死率远远高于急性心肌梗死。死亡的原因一般为大块血栓突然堵塞了肺循环，导致肺动脉血流的突然减少或中断，临床多表现为心脏骤停，休克，急性呼吸衰竭而最终死亡。治疗和未经治疗的肺栓塞1月病死率分别为8%和30%。栓塞急性期血流动力学参数会发生改变，但可以逐渐恢复正常。开始治疗越早急性肺栓塞所致肺动脉高压恢复越迅速。