造血干细胞移植后的并发症主要和大剂量的化学治疗和放射治疗的毒性作用有关，也和造血功能和免疫功能受到抑制有关。早期（1个月内）、中期（2~3个月）的并发症主要有腮腺炎、口腔黏膜溃疡、胃肠炎及腹泻、出血性膀胱炎、肝静脉闭塞病、间质性肺炎、急性移植物抗宿主病和出血等。后期（3个月以后）有白内障、不孕、内分泌障碍和慢性移植物抗宿主病等。