门诊咨询时先挂号，然后填写医学心理咨询记录卡与普通门诊卡。咨询开始时，先由来访者陈述要求咨询的主要问题。医生要注意把问题性质弄清楚，并进行必要的躯体与心理检查，或作SCI90评定，作出初步诊断。医生或咨询小组确定处理原则，如仍有材料需要补充者，嘱来访者进一步提供材料。如果诊断明确，问题简单，则可提出咨询意见。问题比较复杂，需要进行系统性心理治疗者，则宜分阶段进行；首次门诊应解释治疗的原则和要求，帮助来访者建立信心，消除疑虑，并预约来访者定期门诊；每次门诊咨询结束，应布置家庭作业。
　　院内咨询的程序与一般会诊相仿。如需连续多次咨询时，则由咨询医生安排时间定期会见病人，进行检查或心理治疗。