急性肾盂肾炎所发生的致病菌是不同的，多为大肠杆菌（80%）感染所致，约15%由肠杆菌科的其他细菌引起，仅约5%为粪链球菌等球菌所引起，临床上，应根据不同的病情制定不同的治疗方案。
　　首先，要收集尿液做尿沉渣涂片、细菌培养和抗生素敏感试验。急性肾盂肾炎病情较急，需要及时处理。在细菌培养未明确之前，根据尿涂片染色结果，采用毒性小的广谱抗菌素治疗。如为革兰氏阳性球菌，可选用万古霉素、广谱青霉素；革兰氏阴性杆菌，可选用头孢菌素、氨基甙类抗生素或给予复方新诺明、喹诺酮类等药物。治疗至少维持两周。此时选用何种抗菌素，全凭医生经验决定。中山医科大学叶任高教授推荐使用复方新诺明，认为复方新诺明对尿路感染的疗效并不逊于氨基甙类抗生素、氨苄青霉素和第二、三代头孢菌素等抗生素，并有下列优点：①对大多数尿路感染的致病菌有效，尿内和血内药物浓度均高；②使用后极少发生耐药菌株。③除个别发生过敏外，罕见发生严重副作用；④肾毒性低，在肾功能不全者仍可使用，不会增加肾功能损害，而且在肾患者的血和尿中仍能保持药物有效的杀菌浓度；⑤可分泌于阴道液中，抑制阴道前庭和尿道口周围的细菌，因而减少尿路感染的再发机会。SMZ配合TMP其杀菌力可增加几倍；加用碳酸氢钠，不仅可碱化尿液，加强SMZ的疗效，且可防止长期用SMZ后可能发生尿的磺胺药物结晶。如患者对磺胺类过敏，许多学者报告采用喹诺酮类新的抗菌药物治疗尿路感染获得满意疗效。上述用药方法仅供参考。
　　另外，抗菌药物应持续到体温正常、全身症状消失、细菌培养阴性后两周。否则容易复发，又需要4～6周的治疗，才能治愈。大多数上尿路感染的复发是由于治疗不彻底，所以有人主张行CT扫描，观察病灶吸收情况，监测治疗效果。肾功能不全者，应慎重选用肾毒性抗生素如氨基甙类等，而多使用肾毒性较小的抗生素。