再感染的概念与复发不同，复发指原来感染的细菌未完全杀灭，在停止治疗后1个月内重新生长繁殖，引起致病。复发表明，原来的治疗失败或不彻底，而再感染是上次尿路感染经过治疗后症状消失，菌尿转阴，而经过一段时间（多超过一个月），另一种与原先不同的细菌重新侵入尿路，引起感染。再感染多见于女性，且常为膀胱炎，反复再感染提示机体防御机能障碍。反复发作的尿路感染中约80%为再感染，常在停止治疗一个月后发生，其间隔期较复发为长。
　　大多数病例再感染时，具有尿路感染症状，其治疗方法与首次原则相同，但治愈后，应劝告病人注意对尿路感染的预防。如果用药物预防再感染，则该药在低剂量时就可有效，副作用少，而且对大肠内菌丛的构成和抗菌药敏感性影响甚少，因大肠内菌丛是引起尿路感染的根源。
　　目前，最常用于长疗程低剂量抗菌疗法的是复方新诺明，每晚于睡前排尿后服半片（TMP40mg,SMZ200mg）。用此法预防，尿路感染的再发率平均每病人每年仅0.2次。有报告认为，使用此法数年，疗效不减。每年发作两次以上的妇女，应该用此法。对磺胺药过敏的病人，可只用TMP睡前服50～100mg，其疗效相近，但有可能出现抗药性细菌，而复方新诺明则没有这方面的问题。亦有学者报告，使用低剂量喹诺酮类药物，例如氟哌酸每晚服0.1g，可以代替复方新诺明作预防性治疗。
　　对再发尿感的预防性治疗，其疗程应该有多长，仍有争论，我们的做法是用半年，如果停药后又有再感染，则再开始用药1～2年，或更长一些。据我们的经验，这样做不会有严重的副作用。亦有学者认为，长程低剂量预防疗法，病人不易接受，且花钱多，故建议对常再发尿路感染的妇女，仅在尿频、排尿不适发作时，用氨苄青霉素、复方新诺明或其他有效药物做单程疗法。当治疗失败，或在半年内发作超过4次者，则应做进一步处理。这种方法仍在多个医疗中心试验中，但其初步结果是令人满意的。