沙眼衣原体引起的泌尿生殖道感染主要是通过性生活传播的。传染源即是患病病人，性伙伴越多，被感的机会就越多。据统计，有衣原体宫颈炎的妇女，其性伴侣的感染率可达28%，而有衣原体感染的男性的性伴侣，其宫颈衣原体检出的阳性率为68%。另外，沙眼衣原体还可以通过手、眼、毛巾、盆具、衣物等间接接触传播。母婴传播也是一种传播方式，患病的母亲可通过阴道分娩将沙眼衣原体传给婴儿，引起婴儿的一系列疾病。