低HDL-胆固醇血症常见于肥胖、吸烟、缺乏运动的人，因此，对于HDL-胆固醇水平降低者，应强调以公共卫生措施为主的一线治疗，即锻炼身体、戒烟、减肥。运动锻炼可以有效地提高血清HDL-胆固醇水平。其次应治疗引起HDL-胆固醇水平降低的原发疾病，如肾病综合征、糖尿病等。药物可选用能升高HDL-胆固醇的药物，例如烟酸。如果病人不能耐受烟酸的副作用，还可以选用他汀类药物，这类药物有轻度升高HDL-胆固醇的作用。孤立性低HDL-胆固醇血症而无其他血清脂质异常时，不须长期使用升高HDL-胆固醇的药物。