尿路感染的治疗，首先在于选择有效的抗菌药物杀灭细菌，但在选择抗菌药物上，各国学者提出了不同的选用原则。如美国孟菲斯田纳西大学泌尿科的ClairECox认为，理想的尿路感染的抗菌药应具有下列特点：①每次治疗合理的费用；②上消化道吸收良好，不会改变大肠的菌群；③口服后，尿中的高生物利用度；④对尿路病原菌而言，只有血清和尿中的最低抑菌浓度（MIC）超过MIC90；⑤对肾感染来源，组织浓度高；⑥对革兰氏阴性菌、阴性尿路病原菌具有广谱杀菌活性；⑦静脉注射和口服的现代动力学相同，12～24小时给药量的顺应性良好；⑧副作用和药物引起的意外较少；⑨产生耐药性最小。但目前尚无抗菌药能符合上述全部要求。怎样合理使用抗菌药物，以最低的不良反应，最小的医疗费用，取得最好的医疗效果，仍是一个非常重要的问题。各国学者尽管有不同的运用抗菌素原则，但以下几点是达成共识的：
　　（1）选用对致病菌敏感的药物。不少患者因长期服用广谱抗菌素，细菌产生耐药性，往往难以痊愈，因此，降低尿路感染的复发率与死亡率，选用敏感抗生素是至为关键的一环。
　　（2）根据病变部位选择抗菌药物。下尿路感染为尿路浅层的粘膜病变，要求在尿中有高浓度的抗菌药物，如呋喃类药物（如呋喃B750啶、呋喃西林）、庆大霉素、环丝氨酸、孟德立胺等。少数抗菌药（如氯霉素）在尿中排出时变为灭能的衍生物，丧失了杀菌能力，不宜选用。上尿路感染是肾实质深部感染，因此，要求抗菌药在尿中和血中均有较高的浓度，只有这样，才能使肾内达到有效浓度。对肾盂肾炎来说最好能选用杀菌剂，迅速灭菌，这样才能避免肾实质永久性损害。
　　（3）避免使用肾毒性药物。抗菌药物多由肾脏排泄，故在治疗尿路感染时，应尽可能避免使用肾毒性药物。慢性肾盂肾炎病人或多或少伴有肾功能不全，应避免使用强的或中等度的肾毒性抗菌药。肾功能减退时，抗菌药物的排泄减少，致使尿中的药物浓度降低，感染不易控制，在体内则易蓄积中毒，进一步损害肾功能。因此，选用抗菌药物时，要考虑到药物的毒性，半衰期，蛋白结合率，在体内代谢和排泄情况以及目前的肾功能状态。
　　（4）进行联合用药：在必要的情况下，联合使用两种或两种以上的抗菌药物，以产生协同作用，从而达到提高疗效的目的。联合用药要避免具有拮抗作用的药物联用。正确的联合使用抗菌药可减少耐药菌株的出现。联合用药的指征为：①单一药物治疗失败；②严重的感染；③混合感染；④耐药菌株同现。