治疗性应用抗菌药物疗程因感染不同而异，一般宜用至体温正常、症状消退后72～96小时，特殊情况妥善处理。但是，败血症、感染性心内膜炎、化脓性脑膜炎、伤寒、布鲁菌病、骨髓炎、溶血性链球菌咽炎和扁桃体炎、深部真菌病、结核病、伴有脓肿或感染病灶的感染等需较长的疗程方能彻底治愈．并防止复发。如果有植入物相关感染，还需去除植入物，否则疗程很长，停药易复发。