不同部位所分离的细菌，界定感染与定植的具体方法有区别，但主要根据患者临床表现、辅助检查以及良好的微生物检查结果进行判定，如对呼吸道分泌物（痰）所分离到的细菌，判定是否为感染，需要注意患者是否有感染表现（如体温、痰量、痰性质、呼吸系统体检）、呼吸功能、辅助检查（如血常规、胸部影像检查，GM实验等）进行综合判断，有条件医疗机构进行痰如；本微生物检查需要注意以下问题，以便判定感染与定植：留取合格痰标本、培养前涂片革兰染色验证标本的质量；及时送检及时接种；涂片确定标本中的优势菌和致病菌。