专科医院与综合医院病种不同，要求指标应有所不同，如2012年全国抗菌药物临床应用专项整治活动方案中规定口腔医院抗菌药物品种原则上不超过35种，肿瘤医院抗菌药物品种原则上不超过35种，儿童医院抗菌药物品种原则上不超过50种，精神病医院抗菌药物品种原则上不超过10种，妇产医院（含妇幼保健院）抗菌药物品种原则上不超过40种。

　　此外，2012年全国抗菌药物临床应用专项整治活动方案中还对专科医院门诊、住院和急诊的抗菌药物使用率和专科医院的抗菌药物使用强度提出要求，具体如下：

　　口腔医院：住院70 %，门诊20%，急诊50%，使用强度40DDDs/100（人·天）以下。

　　肿瘤医院：住院40 %，门诊10%，急诊10%，使用强度30DDDs/100（人·天）以下

　　儿童医院：住院60 %，门诊25%，急诊50%，使用强度20DDDs/100（人·天）以下。

　　精神病医院：住院5%，门诊5%，急诊10%，使用强度5DDDs/100（人·天）以下。

　　妇产医院（含妇幼保健院）：住院60%，门诊20%，急诊20%，使用强度40DDDs/100（人·天）以下。