甲状腺相关性眼病的治疗包括眼部保护性治疗、药物抗感染治疗、手术和放射治疗等。滴用眼药或涂眼膏以保护角膜和缓解暴露性角膜炎。眼眶急性炎症时，全身应用糖皮质激素或免疫抑制剂，可控制对眼外肌的损害，减轻水肿以及对视神经的压迫。眼位偏斜已稳定半年或半年以上，可在眼外肌局部注射肉毒杆菌毒素A，或行眼外肌手术来改善复视。对于严重突眼或伴压迫性视神经病变的患眼，药物治疗无效时，也可应用放射治疗，经鼻窦或经额部行眼眶减压术。