单肺隔离或单肺通气的绝对指征包括：保护健肺避免与损伤肺相通，如严重的单肺感染或一侧肺大咯血时。单侧肺内肺泡蛋白沉淀的灌洗需要将该感染肺隔离。其他绝对指征包括：支气管胸膜漏、支气管胸膜皮肤疹、大气道的开放手术、气管或支气管系统的断裂，以及巨大的单肺囊肿或大泡。这些疾病状态常需要通气转换以避免气流量从漏口丢失或使易损部位的气道或肺受损伤。相对指征是当手术野需要单肺塌陷时。最常见于胸主动脉手术、上肺叶或全肺切除术。其次是中叶和下叶肺切除、肺段切除、食管手术、胸腔镜以及胸断脊柱手术。当清除单侧的慢性完全闭塞性肺栓塞时，也需要隔离肺。