巩膜炎通常是全身结缔组织病的表现之一，坏死性巩膜炎患者还可以因全身同时发生的病变而危及生命，因此尽早发现和及时治疗非常重要。总的来说，应该针对病因进行治疗，加强营养，改善全身状况。可以根据病情采用局部和全身糖皮质激素药物和（或）非甾体消炎药。对深层巩膜炎应慎用结膜下注射，以防造成巩膜穿孔。如果全身应用糖皮质激素无效时可考虑使用细胞毒性免疫抑制剂。对坏死性巩膜炎穿破眼球的病例可考虑做异体巩膜移植术联合用眼球筋膜瓣覆盖加固，术后使用免疫抑制剂治疗。