头痛是急性鼻窦炎最常见的症状，属于反射痛，多位于病侧。其发生原因，过去认为主要是因为窦腔内粘膜肿胀，分泌物潴留，神经感受器受到了压迫及刺激所致，或细菌的毒素刺激神经末梢而引起。也有人认为，鼻窦产生的头痛，是自然孔受刺激所导致，即鼻窦内脓液流经自然孔时刺激所致，刺激的大小强弱，依各鼻窦解剖不同而定，从而影响头痛的程度。因此，头痛有时间、程度和部位之分。