此型反应发生在实质层，初期呈许多点状灰白色浸润，伴角膜水肿，此后小点逐渐融合成片状，严重者可导致植片全浑浊，实质型排斥反应呈慢性经过，时隐时现，有时可停留在植片水肿及点状浸润状态。实质型排斥反应常发生于穿透性角膜移植患者，临床上如能及时发现并给予皮质类固醇，浸润可逐渐减少，水肿消失。植片恢复透明。有些病例一旦停药，又可发生实质浸润，这样反复多次，可持续数月。