沙眼衣原体性角膜炎是沙眼衣原体直接侵犯角膜所致。早期在角膜上缘出现无血管性表层角膜炎，为上皮内与上皮下细点状浸润，荧光素染色阴性，继之在前弹力层下有细胞浸润，前弹力层可以受到破坏，然后出现新生血管，血管翳的终端有点状或线状灰白色浸润，或为淡黄色的浅层指甲状溃疡。病程较长，愈后留有薄翳。