这三类反义RNA的作用特点分别是：I类反义RNA直接作用于其靶mRNA的SD序列和/或编码区，引起翻译的直接抑制(1A类);或与靶mRNA结合后引起该双链RNA分子对RNA酶Ⅲ的敏感性增加，使其降解(1B类)。Ⅱ类反义RNA与mRNA的SD序列的上游非编码区结合，从而抑制靶mRNA的翻译功能，其作用机理尚不清楚，可能是反义RNA与靶mRNA上游序列结合后，会引起核糖体结合位点区域的二级结构发生改变，从而抑制了与核糖体的结合。Ⅲ类反义RNA可直接抑制靶mRNA的转录：如ticRNA(transcriptioninhibitorycomplementaryRNA)是大肠杆菌中CAP蛋白(cAMP结合蛋白)的mRNA的反义RNA。ticRNA基因的启动子可被cAMP-CAP复合物所激活，从CAPmRNA的转录起始位点上游3个核苷酸处开始，以CAPmRNA的模板DNA链的互补链为模板，合成ticRNA。ticRNA的具体长度不清楚，但是它的5＇端一段正好和CAPmRNA的5＇端有不完全互补，可以形成RNA双链杂合体。而在CAPmRNA上紧随杂交区之后的是一段约长11bp的A?U丰富区。这样的结构与ρ因子不依赖性的转录终止子的结构十分相似，可以使CAPmRNA的转录刚刚开始不久即迅速终止。这一例子是CAP蛋白合成的自我调节的最好说明。当CAP合成达到一定量之后，即与cAMP结合形成cAMP-CAP复合物，再激活ticRNA的启动子转录出ticRNA，反过来抑制CAP-mRNA的合成。