区名从“龙马潭”得名。[清]常明、杨芳灿等纂修《四川通志》卷百六十八：唐朝王昌于梓州遇落魄仙，落魄仙姓张。后王昌入泸州，落魄仙呼昌为“易元子”，授以道术，取马送昌归至家，马化龙入潭。昌后遂仙去。

龙马潭区境域自西汉建元六年（前135年）以来，一直是江阳县、泸州、泸川县属地。

清雍正七年（1729年）设泸州“十大乡”，龙马潭区地域分别为泸州本属一城四乡管辖。

宣统二年（1910年），小市属城厢；特凌（今特兴）属安贤乡；奇桠（齐家）、来龙、金龙、官渡、胡市属会文乡；石洞、双碑、永寿属麟现乡；罗汉属里仁乡。

民国二十三年年（1934年），泸县设42镇乡，小市属中城镇，特兴属特兆镇，金龙属牛滩乡，来龙、官度属来龙镇，胡市、奇桠属胡市乡，嘉祥、双加属石洞镇，罗汉为罗汉乡。

民国二十六年（1937年），泸县设6个区，小市属第一区，罗汉、特兴属第三区，来奇镇、金牛乡、胡市乡、官渡镇属第五区。

1950年7月，泸州为川南行署辖市，下辖一、二、三区和南北2城镇，一区人民政府驻小市。同年11月调整区划，并将人民政府改称区公所，一区区公所驻小市。

1952年8月，川南行署撤销后，小市、罗汉属专辖泸州市。

1959年，将石洞、双加、永寿、安宁及云龙、毛坝6个公社合并成立泸县直属“红旗人民公社”，不久恢复小公社。

1982年撤销公社，恢复乡镇建制。

1995年12月24日，国务院批准设立泸州市龙马潭区。

1996年1月26日，四川省人民政府批准设立泸州市龙马潭区。7月1日，龙马潭区机关对外办公。9月29日，第一届区人民政府产生。