乌马河区开发时间早、施业面积小，于1948年开发建设。

1955年8月，设乌马河区。

1956年12月，改乌马河镇。

1957年，伊春撤县设市，同年11月，与乌敏河、伊春两个镇合并为伊新区，设乌马河街。

1960年3月，设置乌马河区。

1962年12月，并入伊新区。

1964年12月21日，设立乌敏河区。区人民委员会与林业局合并，实行“政企合一”的管理体制，隶属伊春特区管辖。

1966年4月14日，撤销伊东区，并入乌敏河区。

1983年12月24日，将乌敏河区更名为乌马河区。

1986年，林区陷入“两危两困”，区政府针对实际，提出了“以林为主、以短养长、多种经营、全面发展”的基本思路。

1998年，国家国有林区天然林资源保护工程在乌马河区试点。

2006年乌马河区被确定为国有林区林权制度改革试点单位之一。