乡人民政府驻地王店集。百年前为颖州至鄂豫大道一过路旅店。光绪26年由王氏二兄弟在此兴集而得名。解放前属阜阳县大田集区，

1952年春属阜南县柴集区铁佛寺乡，同年设立王店乡。

1958年改王店公社。因与阜阳“王店公社”重名，

1984年改为王店孜乡。

1992年春撤区并乡，原柴集区的王店孜、高寨、高庄三个乡合并为王店孜乡。即成为今天王店孜乡的基本行政格局。

2006年10月，村级区划调整后，全乡新建制11个村民委员会，231个自然村，314个村民组，11224户，人口50353人。