新石器时代睢宁县已有先民在此劳作、生息、繁衍。

商、周时期，县境北属下邳国，南属取虑国。

秦时，南为取虑县，北为下邳县，隶属青州；

汉时建睢陵县，与取虑县、下邳县并存（历东汉、三国、晋）；

南北朝时，取虑县并入睢陵县；

隋时，睢陵县制撤消，县境北入下邳，南入泗州；

金兴定二年（1218年）始置睢宁县，属南京路泗州。建县距今792载，隶属迭有变更，县名称未变。

元朝，县境以睢城镇为中心，东到沙集、凌城，南至邱集，西南到李集，西至桃园、卓海、高楼、大王庙（卓海、高楼、大王庙于1950年划入安徽灵璧县），北部在现黄河故道以南地区，东北至皂河（1951年划入宿迁县）。

明朝，洪武十四年（1381），邳州南部14个社划入睢宁县。

1949年10月后，睢宁县属苏北行署淮阴专员公署管辖；

1953年5月转归江苏省徐州专员公署，同年，原邳睢县所辖双沟、张圩、古邳、张集划入睢宁县。

1956年后，县境趋于稳定。县域东西长约75千米，南北宽约55千米，总面积1773平方千米。

1983年3月实行市管县体制，睢宁县隶属徐州市。

汉置睢陵县。金兴定二年（1218年）以宿迁县古城置睢宁县，取“睢水安宁”之意。

2000年4月1日徐州市人民政府批准调整睢宁县乡镇行政区划：（1）撤销苏塘乡，将其原辖区域并入王集镇，实行镇管村体制，镇政府驻王西村。区划调整后王集镇行政区域131.5平方千米，人口7.31万，辖44个村委会、1个场圃。（2）撤销张圩乡、姚集乡，将这两个乡的原辖区域合并设立姚集镇，实行镇管村体制，镇政府驻郭卢村。区划调整后姚集镇行政区域167.7平方千米，人口9.32万，辖58个村委会、1个场圃。（3）撤销龙集乡、庆安乡。

睢宁县

将这两个乡的原辖区域合并设立庆安镇，实行镇管村体制，镇政府驻匡桥村。区划调整后庆安镇行政区域127.2平方千米，人口6.81万，辖50个村委会。（4）撤销刘圩乡、梁集乡，将这两个乡的原辖区域合并设立梁集镇，实行镇管村体制，镇政府驻梁北村。区划调整后梁集镇行政区域98.9平方千米，人口7.24万，辖40个村委会。（5）撤销睢河镇，将其原辖区域并入睢城镇，镇政府驻睢城。区划调整后睢城镇行政区域109.6平方千米，人口17.4万，辖10个居委会、40个村委会。（6）撤销高集乡，将其原辖区域并入岚山镇，实行镇管村体制，镇政府驻岚山村。区划调整后岚山镇行政区域128.2平方千米，人口7.44万，辖46个村委会。（7）撤销朱集乡，将其原辖区域并入桃园镇，实行镇管村体制，镇政府驻桃园村。区划调整后桃园镇行政区域119.2平方千米，人口8.02万，辖49个村委会。（8）撤销官山乡、黄圩镇，将这两个乡镇的原辖区域合并设立官山镇，实行镇管村体制，镇政府驻官北村。区划调整后官山镇行政区域125.2平方千米，人口7.46万，辖40个村委会。（9）撤销王林镇，将其原辖区域并入邱集镇，镇政府驻邱集村。区划调整后邱集镇行政区域143平方千米，人口10.1万，辖50个村委会、1个场圃。（10）撤销浦棠乡，将其原辖区域并入魏集镇，实行镇管村体制，镇政府驻集北村。

区划调整后魏集镇行政区域130平方千米，人口7.41万，辖43个村委会、1个场圃。（11）保留李集镇、凌城镇、沙集镇、高作镇、古邳镇、沟镇，其行政区域和镇政府驻地不变。（12）行政区划调整后，全县辖16个镇：睢城镇、王集镇、姚集镇、庆安镇、梁集镇、岚山镇、桃园镇、官山镇、邱集镇、魏集镇、李集镇、凌城镇、沙集镇、高作镇、古邳镇、沟镇。

2000年，睢宁县辖16个镇。根据第五次人口普查数据：全县总人口1217820人，其中：睢城镇175615王集镇73472双沟镇56104岚山镇72109李集镇50026桃园镇76389官山镇73662高作镇55698沙集镇55794凌城镇71930邱集镇95506古邳镇63920姚集镇90368魏集镇70075粱集镇70840庆安镇66312