据南浔区境内发现的洪城、花城、上石等古文化遗址证明，早在新石器时代，原始社会氏族部落就在此繁衍生息。

历史上，南浔隶属关系变化很大。相传夏禹治水，划天下为九州，南浔辖域隶属扬州。

春秋战国时期先后属吴、越、楚。

公元前333年，楚以此为春申君黄歇之封邑，始建菰城县，南浔辖域隶属菰城县。

秦灭六国后，分天下为三十六郡，置会稽郡，下设乌程、由拳等县，今区境属乌程县。

西晋太康三年（公元282年），分乌程县东乡置东迁县，县治在今旧馆。南朝宋元徽四年（公元476年），东迁县改名东安县，次年仍复名东迁县。

隋开皇九年（公元589年）东迁县并入乌程县。宋太平兴国7年，分乌程县东南15乡置归安县。

民国元年（1912年），乌程、归安合并为吴兴县，今南浔辖域隶属吴兴县。

1949年5月2日，南浔解放，今南浔辖区隶属吴兴县。

1981年1月，撤消吴兴县，改称湖州市。

1983年7月，撤消嘉兴地区，湖州市改为省辖市，建立城、郊两区，南浔隶属湖州市郊区。

1988年11月，撤消湖州市城、郊区建制，实行市管县又直接领导原城、郊区所属乡镇、街道的体制，南浔辖区各镇直属湖州市。

1993年9月，湖州市区下设城区、南浔区、菱湖区3个区工委。今辖区内南浔镇、练市镇、双林镇、善琏镇、旧馆镇属南浔区工委；菱湖镇、和孚镇、千金镇、石淙镇属菱湖区工委。

2003年1月，根据国务院（国函（2003）2号）和省政府（浙政发（2003）2号）文件精神，湖州市撤消城区、南浔区、菱湖区三个区委、区管委会，设立吴兴区、南浔区两个市辖区。南浔区区委、区政府驻南浔镇，辖南浔、双林、练市、善琏、旧馆、菱湖、和孚、千金、石淙9个镇，南浔古镇管理委员会和南浔经济开发区。