新垵村是因新垵水库而得名。 石湖边、沟边、高厝林、杏当、山仔、新垵6个自然村原属当时的南安市官桥公社三同大队，1960年沟边并入石湖边，新垵水库于1960年

修建，指挥部驻新垵自然村，故取名新垵水库，同年，因修建水库，库区迁村移民，原属磁灶镇三吴村的妹山自然村划同石湖边、高厝林、杏当、山仔、新垵，共6个自然村组建新垵村委会。