秦汉时期，江左石排一带，江右园洲整片，直至石龙、中堂这东江码头些地方都是东江下游冲决三角洲片区，秦汉后，各处沙洲陆续浮出水面，石龙镇区及纳入石龙建设总体规划的石碣唐洪、水南、黄泗等地均从东江游荡区演变而为沙洲。

唐宋时期，石龙东面、南面、西面一带沙洲逐渐露出水面。

明代，随着人类商业和农业的发展，先后筑起东江、三村、西湖三处方水堤，使石龙与水南沙洲梁洲会连。形成石龙旧城区。明朝后期，筑黄家山基调，将黄家山与黄屋洲合并。

明代以后聚者日众，渐显墟市雏形。明末清初以来是广东省著名商埠，并与广州、佛山、陈村一起被誉为广东“四大名镇”。

石龙镇于明朝嘉靖年间（1522—1566）建圩。

清代乾隆中期，石龙升级为“石龙镇”。

1927年8月，当时的省政府批准石龙设市，成为省属直辖市。

1949年10月14日，中国人民解放军四野部队解放石龙，石龙镇改称石龙市，由军管会接收建政。

1950年7月，石龙改市为镇，属东莞县管辖。