巫山县历史悠久。战国间，巫属楚国之巫郡。秦昭襄王三十年(公元前二百七十七年)建巫县。东汉建安十五年(公元二百一十年)，刘备主荆州，析巫县置北井县。蜀汉章武二年(公元二百二十二年)，县境属吴，隶属宜都郡。吴孙休永安三年(公元二百六十年)分宜都郡置建平郡，治巫县。西晋秦始四年(公元二百六十八年)隶属巴东郡。隋开皇三年(公元五百八十三年)置建平郡，巫县更名为巫山县。清康熙九年（1670年）大昌县并入本县，1951年3月，湖北省建始铜鼓乡划归本县官渡区境域，1961年3月，龙溪人民公社所属上安、下安、双河三个大队的山地1784.5亩，水田342.3亩析出，划归巫溪县境，形成至今的巫山县境。

巫山县历史文化厚重，距今二百零四万年前的龙骨坡“巫山人遗址”，是亚洲古人类起源地之一；距今五千年的“大溪文化”则是新石器文化的杰出代表；汉墓群出土的大量文物证明，农业、手工业自汉代始即具一定规模。

巫山人杰地灵，在革命战争年代，无数优秀巫山儿女为革命抛头颅，洒热血，献出了宝贵的生命。他们当中以李季达烈士为杰出代表，他是中共早期革命活动家，一九二一年赴法国留学，与先期赴法的赵世炎、周恩来、李立三、邓小平、陈毅等一起学习马克思主义。回国后历任中共天津地方执行委员会书记、天津市委书记。一九二七年八月被军阀褚玉璞杀害，终年二十七岁。

重要历史事件：董必武一九二一年八月来巫联络川军援鄂，是共产党人最早涉足巫山的一次革命活动；一九三二年十二月十九日，贺龙率领红三军转战川鄂边途经巫山，红军沿途宣传，为民除害，在群众中留下深远影响；一九四九年十月二日中国人民解放军一二四师三七0团政委陈鹏率部入城，巫山解放；一九四九年十二月十七日，四川省巫山县人民政府成立。一九九七年六月二十八日，巫山县划归重庆直辖市。