1994年5月，经国务院批准，原潍城区以境内白浪河为界划分为两个区，白浪河以东因为建有“奎文阁”，故名奎文区。

1994年5月23日，设立潍坊市奎文区，将原潍城区白浪河以东的东关、东园、院校、新城4个街道办事处，大虞、二十里堡、梨园3个镇和军埠口镇的刘家沙窝、李家沙窝、南家、郭家、吕家、高家涧头院、武家涧头院7个村，寒亭区郭家官庄镇的李家朱茂、杜家朱茂、玄家朱茂、辛庄、王家潭里、小南潭、西金马、东金麻8个村划归奎文区，区人民政府驻胜利东街。

1994年6月21日，撤销潍城区大虞镇、梨园镇、廿里堡镇、北关镇，分别以原镇的行政区域设立大虞、梨园、廿里堡、北关4个街道办事处。大虞、梨园、廿里堡3个街道属于新设立的奎文区。

2000年，奎文区辖9个街道。根据第五次人口普查数据：384576人，各乡镇人口： 东关街道 52042、大虞街道 51100、梨园街道 36758、廿里堡街道 29936、潍州路街道 58467、北苑街道 27265、广文街道 59693、南苑街道 11051、新城街道 51920、农业高新技术产业开发区虚拟镇 6344。

截至2002年末，全区总面积54平方千米。辖9个街道办事处，112个行政村（居委会）。总人口32.4万人，其中非农业人口26.6万人。

2003年7月4日，山东省政府批复同意将坊子区清池街道办事处划归奎文区管辖。2003年末，全区总面积71平方千米。辖9个街道办事处（不含清池街道）：大虞街道、北苑街道、东关街道、二十里堡街道、广文街道、南苑街道、新城街道、院校街道、樱改为桃源街道。共有117个行政村（居委会）。年底全区总人口33.9万人，其中非农业人口27.4万人。

2006年，奎文区辖11个街道：东关街道、大虞街道、梨园街道、廿里堡街道、潍州路街道、北苑街道、广文街道、南苑街道、新城街道、清池街道、钢城街道。其中，新城街道、清池街道委托潍坊高新技术产业开发区管理。

2007年，撤销南苑街道、钢城街道，并入廿里堡街道。