彭堡地名由来已久，清代在此设彭敖堡，彭堡地名由此演变而来。

1949年9月，始设彭堡乡属水河区，1957年7月隶属大营区管辖，1958年9月公社化时成立吴磨公社，同年12月改名为彭堡公社，1983年10月由人民公社改为乡沿用至2003年7月撤乡设彭堡镇。彭堡有着悠久历史。北宋天圣八年（1030），在进闫堡村隔城子古城设三川寨。北宋庆历二年（1042），在今曹洼古城设高坪寨。庆历四年，在高坪寨设置榷场，与西夏贸易。建炎四年（1130），今朝占领镇戎军，仍设寨。大定二十二年（1182），升为三川县。明代，曾在今彭堡村、撒门村、姚磨村红寨子等地设有堡寨。古遗址有隔城子宋代三川寨遗址，曹洼村高平寨遗址。

彭堡镇处于地震活动带，历史上1622年10月25日固原北部发生一次相当于7级地震，1920年12月16日（民国九年十一月初七晚）海原西安发生一次相当于8.5级地震，1921年4月12日（民国十年三月初五晚）固原发生一次相当于6.5级地震，对彭堡均造成不同程度的伤亡，尤其是居住窑洞的农民伤亡惨重。

1955年属中水河区，1958年设吴磨公社。同年更名彭堡公社。

1983年改乡。

1996年，面积194.5平方千米，人口2.7万人，辖彭堡、撒门、石碑、申庄、吴磨、臭水沟、河东、闫堡、别庄、曹洼、蒋口、姚磨、里沟、杨忠堡、硝家沟15个行政村。2003年，彭堡乡改设为镇。