晋，伊通属挹娄。

南北朝，属勿吉白山部。

隋属高句丽。

唐，设渤海国，分五京十五府六十二州，伊通属中京显德府荣州。

五代时，辽灭渤海国建东丹国，伊通属人皇王辉发部。

辽天庆五年（1105年），女真族完颜部首领阿骨打灭辽称帝，创建金国，伊通属东京咸平路。

元代，地方实行行省制，全国设11行省，辽阳行省下设一府七路，伊通属咸平府开元路。

明初，废元行省制，于东北设奴儿干都司，伊通分属奴儿干都司之塔山卫、勒克山卫、呼兰山卫、乌尔坚山卫、伊敦河卫、雅哈河卫、乌苏卫、穆苏河卫、呼鲁河卫等。

明末，海西女真崛起，形成叶赫、哈达、辉发、乌拉四部，伊通大部属叶赫部，东南一隅属辉发部。

天命元年（1616年），建州女真首领努尔哈赤建立后金。

万历四十七年（1619年），灭叶赫，伊通全境尽归建州女真所属。

康熙二十年（1681年），修筑京师至吉林驿道，伊通地当盛京至吉林之中，设蒙古霍罗、叶赫、赫尔苏、阿勒坦额墨勒、伊巴丹五处驿站。

雍正六年（1728年），伊通设镶黄、正黄二旗公署，隶属永吉厅。

嘉庆十九年（1814年），设伊通河分防巡检，隶属吉林厅。

光绪八年（1882年），建伊通州，属吉林府。同时建磨盘山分防巡检，隶属伊通州。

光绪十三年（1887年），撤磨盘山分防巡检，改设分州，隶属伊通州。

光绪二十八年（1902年），磨盘山分州从伊通州划出，设磐石县，隶属伊通州。

光绪二十九年（1903年），设赫尔苏分州，隶属伊通州。

宣统元年（1909年），伊通州升为直隶州。

民国二年（1913年3月），撤州建县，称伊通县，隶属长春道，设县公署，置县知事。

民国十八年（1929年2月），县公署改称县政府，县知事改称县长。

民国二十一年（1932年），设伪伊通县公署，隶属伪吉林省。

民国三十年（1941年1月1日），伊通县与双阳县合并，称通阳县，伪县公署设在伊通街。

民国三十四年（1945年），“八·一五”东北光复，中国共产党收复伊通，建立通阳县民主联合政府。

民国三十五年（1946年3 月15日），撤销通阳县，恢复伊通县和双阳县。

民国三十六年（1946年5月20日），国民党占领伊通，伊通县政府转移辉南县境内。

民国三十七年（1947年10月1日）伊通县解放，伊通县政府迁回伊通县城，隶属吉林省。

1956年11月，伊通县为公主岭专员公署所辖。

1958年为四平专员公署所辖。

1983年8月为四平市所辖。

1985年2月为公主岭市所辖，同年12月复归四平市所辖。

1988年8月30日，经国务院批准，撤销伊通县，设立伊通满族自治县，隶属四平市。