六合区历在距今约一万年前就有原始氏族村落，远在五、六千年前的新石器时代六合沿江滁河沿线就有了人类活动的原始村落。古老文明的六合，2000多年前就见诸史端。

六合古称棠邑，后因境内有六合山而易名六合，最早见公元前559年（周灵王十三年）于《左氏春秋》。古之六合，即棠邑范围包括今天的六合区全部，南京市浦口区大部分，安徽省滁州市大部分，隋开皇年间才改为的“六合”，因其境内有六峰连绵，蔚为壮雄，可惜之六峰，遗在今浦口。

春秋战国时期，棠邑先属楚，后属吴，再属越，至公元前334年复归于楚，为吴楚交界吴国的重镇。

秦始皇二十六年（前221年），始置棠邑县，属九江郡。

楚汉相争，棠邑县初属楚。汉王三年（前204年）楚九江王英布以其地归汉。

汉，高帝六年（前201）封陈婴棠邑侯，为棠邑侯国，武帝元狩六年（前117年），改名，棠邑称堂邑。元鼎元年（前116年），堂邑侯国除，复为堂邑县，属临淮郡。东汉建武年，改属徐州广陵郡。

三国，广陵郡先属魏，至吴赤乌十三年（250年），归吴。堂邑县遂属孙吴广陵郡。

晋太康元年（280年），以堂邑属徐州临淮郡，元康七年（297年），置堂邑郡于堂邑县，隶扬州。东晋，成康四年（338年）江淮乱，百姓南渡，侨置堂邑郡于江南建康，而本郡不废（一说迁堂邑郡侨治于建康，此从《通鉴》注：“实郡在江北者有堂邑”；《万历应天府志》：“侨置堂邑于此而本郡未废“）。隆安元年（397年），中原乱，秦地之民南流，寄居堂地，改堂邑郡为秦郡以统之，置秦县；于秦郡置尉氏县以安尉氏（今河南尉氏县）流民，置义成县以安义成（今安徽怀远东北）流民。秦郡及秦、尉氏、义成3县均侨置，并在今六合县境，有实土。

南北朝时期，刘宋永初元年（420年）以秦郡属南豫州（侨州）；元嘉八年（431年）属南兖州（侨州）。元嘉二千七年（450年），北魏占秦郡，改置秦州及横山县，元嘉二十八年，宋收复失地，废秦州，复为秦郡。

南齐建元元年（479年），析秦郡置齐郡，治瓜步（瓜埠），属青州。永明元年（483年），并秦郡入齐郡，将齐初恢复的堂邑县又并入尉氏县；永明二年以尉氏改属新昌郡。梁天监元年（502年），废齐郡复为秦郡，分尉氏县为堂邑、尉氏2县，太清三年（549年），侯景袭秦郡，改郡为西兖州。陈永定元年（557年）改复江北失地，恢复秦郡，堂邑、尉氏属之。太建五年（573年），北齐再取秦郡，置秦州瓦梁郡，随即为陈所收复，仍设秦郡；十年，改秦郡为义州，旋罢。北周于公元579年南下占领秦郡，改秦郡为方州，置六合郡，又置方山县，属方州。方州治于方山。

隋开皇元年（581年），废六合郡，以所领各县属方州。开皇四年，废尉氏、堂邑、方山3县，并置为六合县，属方州。大业元年（605年）废方州，六合县属扬州江都郡。 大业十二年（616年），杜伏威、辅公柘江淮起义军占领六合。六合襟江控淮，直通冀鲁，屏障南京，历来为兵家必争之地，无论南北纷争，还是东进西击，均是战争的交汇点，人口的积聚和集市的繁荣，使六合成为大江南北陆路运输的要道。

唐武德二年（619年），杜伏威降唐，六合遂为唐有。五年，定六合为紧县，属南兖州；七年，改属方州。贞观元年（627年），废方州，六合属淮南道扬州。广明元年（880年），黄巢义军占有六合。

南唐，升元元年（937年）定都江宁府（今南京），以六合县属江宁府，保大六年（948年）改六合为雄州。

后周显德五年（958年）占南唐江淮地，废雄州，复置六合县，属扬州。

宋建隆元年（960年），六合属淮南道扬州。至道二年（996年），属建安军。祥符六年（1013年）改建安军为真州，六合属之。大观元年（1107年），升六合为望县，政和七年（1117年），属仪真郡。南宋初，仪真郡复为真州，六合属之。

元初，六合县属扬州。至元十四年（1277年），属扬州路。二十一年（1284年），属真州路真州（今仪征）。

明洪武二十二年（1389年），六合由扬州府改属应天府。

清顺治二年（1645年），改应天府为江宁府。六合属江宁府。太平天国于1853年定都天京后，以六合县属天京省江宁郡。1858年，太平军攻克六合县城，改属天浦省。清同治三年（1864年）清军攻陷天京，六合县复属江宁府。

民国元年（1912年）废府，六合县属江苏省。

1914年属江苏省金陵道。

1927年废道，属江苏省。

1934年，六合县属江苏省第十行政督察区。

抗日战争时期，六合县境内3方政权辖区交错，变迁频繁。

1937年12月15日，日军侵占六合县城。次年3月撤出，12月7日再占县城。伪政权先为维持会，后为伪县府，以六合县隶属伪江苏省政府，日伪占有县城及主要集镇。

民国县政府撤至县境边地，仍以六合县隶属江苏省第五行政督察区（驻江都）。

1939年6月，新四军挺进六合，控制大片农村地区，建立抗日民主政权。

1940年4月，六合县抗日民主政府成立于竹镇。

1941年7月至9月，中共路东区党委决定，将六合县八百区改建为直二区，东王庙区改直四区，东沟区改直三区，均为县级行政区。

1942年10月，以直二、直四2区合并建立冶山县。（直三区划归仪征县抗日民主政权管辖）。

1943年2月，以六合县与安徽省境来六县抗日根据地合并，建为来六县（领导机关称来六县办事处）。以冶山县与仪征县合并，建为东南县（领导机关称东南县办事处）。9月，成立中共浦（口）六（合）工委，兼为县级政权机构，在今六合境内辖有南圩、王子、滁河3个区，一年后建为六合县。

1944年9月，撤销东南县，复建冶山县；改浦六工委为六合县建制，今六合县境成立3个抗日民主县政权，来安县辖县境西部，冶山县辖东部，六合县辖县城以南沿江一带。3县均隶属路东专员公署领导。

1945年6月，撤销六合县建制，并入冶山县。8月15日，改冶山县为六合县，仍属路东专员公署。

1945年8月20日，新四军攻克仍由日伪盘踞的六合县城，以六合县城为县抗日民主政府驻地。至1946年1月9日，撤至冶山一带。

民国六合县政府返回六合县城。其后，以六合县属江苏省第十行政督察区（由第五行政督察区划出江浦、六合、仪征3县成立）。

1948年3月，人民解放军南下，进入六合县境，4月，建东南县；5月，建来六县；7月，建盱嘉来六县。11月，撤东南县、盱嘉来六县建制，复建六合县，隶属皖北行政区滁县专区。

1949年1月25日，六合县城解放。4月21日，人民解放军攻克划子口，六合县全境解放。

1949年4月23日南京市解放，定格为直辖市，下设第十二区（是后来的南京市大厂区），六合属苏北行政区扬州分区。12月划回南京市。

1950年1月，属苏北泰州分区。4月泰州分区改泰州专区，六合县仍属之。

1952年11月，泰州专区改为扬州专区，六合属之。

1953年，撤销南京市第十二区，设立大厂镇。

1956年2月改属镇江专区，12月改属扬州专区。

1958年，撤销南京市大厂镇，并入浦口区

1958年6月，划六合县复属南京市。

1962年5月，划属扬州专区。

1966年3月15日，成立六合专区，治六城镇；六合县属六合专区。

1971年撤销六合专区，六合县属扬州专区。

1975年11月，六合县再次划回南京市。

1980年4月26日设立南京市大厂区。

2000年3月，六合县原六城镇、灵岩镇、龙池乡合并成立雄州镇，镇域面积112.3平方公里，辖25个行政村，10个社区居民委员会，人口13.8万，是六合县委、县政府所在地。

2002年4月，经国务院批准，撤销南京市原六合县与原大厂区合并成立新的六合区，六合区辖5个街道（原大厂区所辖） 、14个镇（原六合县所辖）、1个省级经济开发区，土地面积1500平方公里。

2007年，经江苏省省政府批复，同意撤销南京市六合区雄州镇，以其原辖荷花、凤凰、方州、天一、泰山、观滁、龙津、古棠、灵岩、紫霞、冶浦11个居委会及龙虎营、山西、山北、西陈、红星、钱仓、桥西、骁营、高余9个村委会范围设立雄州街道办事处。行政区划调整后，雄州街道办事处面积70.3平方公里，人口11.5万人，管理11个居委会、9个村委会；同意撤销南京市六合区新集镇，以其原辖新集居委会和头桥、三汊湾、路呙、刘林、白酒、朱营6个村委会以及原雄州镇所辖龙池、蒋湾、毛许、七里桥4个居委会和沿河、李姚、四柳、张营、槽坊、风雷6个村委会范围设立龙池街道办事处；将原新集镇所辖接待寺居委会和长城、前程、官塘河3个村委会划归葛塘街道办事处管理。行政区划调整后，龙池街道办事处面积90平方公里，人口6万人，管理5个居委会、12个村委会；葛塘街道办事处面积50平方公里，人口4.7万人，管理7个居委会、3个村委会。

2010年1月，经江苏省省政府批复，同意撤销六合区八百桥镇，以其原辖区域设立金牛湖街道办事处。街道办事处驻六合区茉莉花路99号，管理3个居委会，14个村委会；同意撤销六合区程桥镇，以其原辖区域设立程桥街道办事处。街道办事处驻六合区编钟路88号，管理2个居委会，11个村委会；同意撤销六合区横梁镇，以其原辖区域设立横梁街道办事处。街道办事处驻六合区山东路69号，管理5个居委会，4个村委会。

2012年8月，经南京市市政府批复，六

合区的街镇行政区划调整如下：将雄州街道与瓜埠镇合并为新的雄州街道，驻地为原雄州街道；卸甲甸街道、西厂门街道、山潘街道合并为大厂街道，驻地为原西厂门街道；横梁街道与新篁镇合并为新的横梁街道，驻地为原横梁街道；长芦街道与玉带镇合并为新的长芦街道，驻地为原玉带镇；龙袍镇与东沟镇合并为新的龙袍街道，驻地为原龙袍镇；马集镇与马鞍镇合并为新的马鞍街道，驻地为原马集镇。本次行政区划调整后，六合共辖雄州、金牛湖、横梁、程桥、龙池、龙袍、马鞍、大厂、长芦、葛塘10个街道办事处和竹镇、冶山两个镇，形成六合区的12个街镇格局。

2014年，江苏省政府同意撤销六合区冶山镇，以其原行政区域设立六合区冶山街道办事处。

关于读音

关于“六合”的正确读法应该是“liùhé”。在地名记载中，六合，古称棠邑，隋开皇4年（584年），因境内有定山（此山后改名六合山），定山有六峰，即寒山峰、邓子峰、石人峰、芙蓉峰、妙高峰、双鸡峰，因六峰是环合的，因此改名为六合。六合一度念‘lùhe’，2005年，经中国社科院语言文字工作会正音，通读为‘liùhé’。（详见最新版《新华字典》和《现代汉语词典》）