据考，明朝洪武年间（1368－1398年）初始建村，因村北有古狼烟墩，土呈黄色，惯称黄墩。

1912年置镇，1931年改区，1945年复镇。解放前称芦山区，解放后先后称十六区、黄墩区、黄墩乡。因著名的甲子山战役，1958年改甲子山公社。

1963年后先后几次改称黄墩区、黄墩公社等，所辖区域有所变化。

1985年设黄墩镇。

1997年，面积153平方千米，人口5.6万，辖黄墩一、黄墩二、黄墩三、黄墩四、高家、小邵家沟、南塔岭、凌家滩井、赵家滩井、秦家滩井、崔家沟、单家沟、张家沟、辛庄、后崖、北塔岭、小刘家沟、姚家沟、陈家官庄、台子地、上河、芦涧、后大坡、南陈家沟、侯家沟、粮山一、粮山二、粮山三、姜家沟、小朱洲、大朱洲、南庄、葛疃、田家沟、下双疃、上双疃、孙家蒲汪、张家蒲汪、辛家蒲汪、黑家沟、李家官庄、草涧、田家董旺庄、任家董旺庄、寺后、红卫、孔家沟、孔家庄子、谢家沟、上大峪、下大峪、东石山、西石山、孔家口子54个行政村。2004年9月黄墩镇正式划归岚山区管辖。