夏、商时期，九江境地分属荆州、扬州；春秋时分别属吴国、楚国，有“吴头楚尾”之称；战国时多有变更：周元王三年（前473），越灭吴，属越；周显王三十五年（前334），楚败越，属楚。

商代设艾侯国，建都于修河上游，所辖范围大致为今修水、铜鼓、武宁、永修一带；武王克商后，除艾侯国，设艾监。春秋后期至战国期间，在分封诸侯国之外，出现了县邑，江西境内有番（pó）、艾2邑，其中艾邑辖区范围大致与艾侯国、艾监相等。

秦王政二十四年（前223），秦灭楚，以其地设3郡，其中九江郡辖区范围包括今江西大部，郡治设在寿春（今安徽寿县）。

汉高帝六年（前201），设豫章郡，治南昌；领县十八，九江境内有五，依次为：第三彭泽（治今彭泽西南，包括湖口、彭泽、都昌及安徽东流一部）；第五历陵（治今德安）；第七柴桑（治今九江西南，包括市区及九江、星子、瑞昌等地）；第八艾（治今修水渣津附近，包括修水、铜鼓2县）；第十四海昏（治今永修东，包括永修、武宁、靖安、安义、奉新5县）；第十六鄡阳（治今都昌南，包括都昌县和波阳县各一部）。同时，设立寻阳县，治所在今湖北省黄梅县西南，其江南辖区一部在今九江境内。永元十六年（104），分海昏设建昌县。中平年间（184～189），分艾县置西平县；二年（185），析海昏、建昌置永修、新吴（今奉新）2县。建安四年（199），析艾、海昏设西安县。

三国两晋南北朝

三国时属孙吴，柴桑隶武昌郡，寻阳隶庐江郡。各县分属武昌（柴桑）、豫章（艾、海昏、建昌、永修、新吴、西安、彭泽）、鄱阳（鄡阳、历陵）、庐江（寻阳）4郡。

西晋太康元年(280)，改西安县为豫章县。元康元年（291），分扬州之豫章、鄱阳、庐陵、临川、南康、建安、晋安，荆州之武昌、桂阳、安成10郡为江州，治豫章（今南昌）。永兴元年（304），分庐江郡寻阳县、武昌郡柴桑县合立寻阳郡，治寻阳县（江北），属江州。

东晋咸和年间（326～334），先后将寻阳郡治、寻阳县治由江北迁至柴桑；咸康六年（340），又将江州州治由豫章移驻寻阳。至此，州、郡、县三级政权同治寻阳。义熙八年（412），寻阳郡改名为江州郡；省寻阳县，并入柴桑。

南朝宋永初二年（421），废鄡阳，并入彭泽县。元嘉元年（424），废历陵，并入柴桑县；二年（425），废海昏，并入建昌县。梁太清二年（548），分彭泽置太原侨郡，辖晋阳、和城、天水3侨县及彭泽；分柴桑置汝南侨县；寻阳郡治迁入湓城（今九江市区）。太平二年（557），分江州为二，立西江州，领寻阳及太原、高唐、齐昌、新蔡4侨郡。陈永定三年（559），置豫宁郡，治豫宁县，辖艾、建昌、永修、新吴、豫宁5县。天嘉六年（565），罢西江州，寻阳郡还隶江州。

隋唐五代十国

隋开皇三年（583），彭泽易名龙城县。九年（589），废除梁、陈二代所设的侨郡、侨县：废太原郡，并晋阳、和城、天水、彭泽4县为龙城县；废豫宁郡，并永修、豫宁、新吴、艾4县入建昌；废寻阳郡，并柴桑、汝南2县立寻阳县；十八年（598），改寻阳县为彭蠡县；龙城复名彭泽县。大业二年（606），废州设郡，形成郡、县两级行政建制；废江州，改置江州郡；改彭蠡为彭城县，随后又改为湓城县。三年（607），江州郡改为九江郡；复设豫宁县。

唐初，江西地区属江南道。武德四年（621），分湓城置浔阳县；废郡复州，江州领湓城、浔阳、彭泽3县。五年（622），分湓城县置楚城县；割鄱阳县雁子桥之南境置都昌县；复置西平县，与豫宁县并存；设置浩州，辖彭泽、都昌、乐城、广晋4县；复置永修县；析建昌设龙安县（今安义境内）；八年（625），废浩州，省乐城并入彭泽县；废湓城入浔阳县。贞观八年（634），废楚城并浔阳县。永淳元年（682），析建昌复设新吴县。长安四年（704），析建昌置武宁县。景云元年（710），改武宁为豫宁县。开元二十一年(733)，分江南道为江南西道，辖洪、饶、虔、吉、江、袁、信、信、抚8州、37县，其中江州辖浔阳、彭泽、都昌3县。天宝元年（742），改江州为浔阳郡。乾元元年(758)，确立州、县两级建制，改浔阳郡为江州。宝应元年（762），豫宁复名武宁县。贞元十六年（800）分武宁建分宁县。

五代南唐顺义七年（927）升蒲塘场为德安县。升元元年（937），析建昌、武宁、奉新置靖安县；二年（938），升湖口戍为湖口县。三年（939），江州设奉化军；升赤乌场为瑞昌县；改浔阳县为德化县。

宋元

北宋太平兴国三年（978），升星子镇为星子县；七年（982），设南康军，治星子，辖星子、都昌、建昌3县。天禧四年（1020），分江南路为东、西二路，江州属江南东路，辖德化、德安、瑞昌、湖口、彭泽5县；改分宁县为宁县。开宝八年（975），江州降为军事；宁县复称分宁县。大观三年（1109），江州升为望郡。

南宋绍兴二年（1132），江州改属江南西路；九江境内各县隶属：德化、德安、瑞昌、湖口、彭泽属江州；星子、都昌、建昌属南康军；分宁、武宁属洪州。建炎二年（1128），合江、池、饶，信4州为江州路。四年（1130），升分宁县为义宁军。隆兴元年（1163），废义宁军，复为分宁县。

元代行省下设路、州、县。至元十二年（1275），于江州置江东西宣抚司；十三年（1276），改为江西大都督府，隶扬州行省；十四年（1277），罢江西大都督府升江州路，改南康军为南康路，辖县未变；十六年（1279），江州路改隶黄蕲等路宣慰司；二十二年（1285）复隶江西行省；二十三年（1286），于武宁县置宁州，辖分宁、武宁2县。元贞元年(1295)，升建昌为州，属南康路。大德八年（1304），升分宁县为宁州。至正二十一年（1361），朱元璋攻下江州，改江州路为九江府；改南康路为西宁府，次年改称南康府。

明清

明洪武初三年（1370），降建昌州、宁州为县；九年（1376），改江西行省为江西等处承宣布政使司，全省分为5道、13府，其中九江道辖九江、南康、饶州3府；九江府辖德化、德安、瑞昌、湖口、彭泽5县；南康府辖星子、都昌、建昌3县；宁县、武宁则属南昌府，弘治十六年（1503），复升宁县为宁州。正德十三年（1518），分建昌置安义县，隶南康府。

清代，九江境内各县隶属仍承明制。嘉庆六年（1801），改宁州为义宁州。咸丰四年（1854），太平军改湖口为九江郡，以九江府为江西省；太平天国失利后，清复原制。

中华民国

辛亥革命后，废除府制。

1912年改义宁州为义宁县。

1914年，全省设4道，辖81县，其中浔阳道辖20县。同年，为避免道、县同名，改德化为九江县、义宁为修水县、建昌为永修县。

1926年废道，各县均直属省政府。

1927年设九江市政厅，次年改称市政府，1930年撤销，并入九江县。

1932年以后，江西省设行政督察区，其区划变更频繁，数量时有增减。以1935年全省设8个行政督察区，今九江境内各县隶属关系为：武宁、修水、永修属第一行政督察区；都昌、彭泽、湖口、九江、星子、德安、瑞昌属第五行政督察区。

中华人民共和国

1949年5月7日九江解放，7月19日设九江专员公署，析九江县城厢设九江市。

1968年4月，成立九江专区革命委员会。

1971年2月，改为九江地区革命委员会，1979年改为九江地区行政公署。

1980年九江市从九江地区划出，升为省辖市，市辖浔阳、庐山、郊区三区，1983年7月27日地市合并，同时实行市管县体制，现辖浔阳、庐山两区，九江县、武宁县、修水县、永修县、德安县、星子县、都昌县、湖口县、彭泽县等九县，代管县级瑞昌市、共青城市，另设有九江经济技术开发区和庐山风景名胜区管理局。