井研县古为蜀国领域。据《光绪井研县志》记载：“县未开置，禹贡为梁州之域，在汉为武阳县地”。《前汉书》：“汉武帝建元六年（前135年）开犍为郡领县十二，武阳第三”。

汉置武阳县井研镇。

东晋置西江阳郡，北朝西魏于今地置蒲亭县，属陵州。

隋开皇十一年（591年）立隆山郡，废蒲亭置井研县。

从隋开皇十一年（591年）建县起，经唐、宋至元朝初期的六百多年，县域有所扩大。

宋真宗咸平四年（1001年）将始建县（即今仁寿县彰加地区）并入井研县。

元世祖至元二十年（1283年），则隆州井研并省为仁寿，人成都路，县境域为仁寿四乡之一，曰来凤”于明朝洪武六年（1373年）太祖朱元璋下诏，撤仁寿县的来凤乡，恢复井研县。

清顺治初归资州，属成都府。

雍正五年（1727年）升资州为直隶州。

民国二十四年（1935年）属第二行政督察区（区治地资中城关镇）。

1949年后，井研县一直归属乐山市（前乐山地区）。