1953年建北店乡，1958年属南大冉公社，1961年析置北店公社，1984年复置乡。

1997年，面积45平方千米，人口1.3万。北店乡建成了“两区四基地”为主的高优农业示范带，即北店万头牛养殖小区、万头猪养殖小区、牛庄万亩无公害蔬菜生产基地、田各庄苗木花卉种植基地、东林水草莓种植基地和冉河头银杏种植基地。同时，清源实业集团、赫达礼花厂等县属重点企业也落户该乡。

清苑县北店乡