1958年设青云谱公社，1969年合并为湖坊公社，1970年复设青云谱公社，1984年改乡。

1997年时，面积20平方千米，人口1.7万。

1998年1月5日，将南昌市郊区青云谱乡（不含辛家庵、楞上行政村）和青云谱农场划归青云谱区；辛家庵、楞上行政村划归郊区湖坊乡；将岱山街道的前万、石马行政村划入青云谱乡。2002年8月8日，撤销青云谱乡，设立青云谱镇（赣民字[2002]181号批复）。2004年将青山湖区湖坊镇的楞上、太和、热心3个村划归青云谱区管辖。调整后，青云谱镇辖三店、熊坊、石马、前万、万溪、黄溪、城南、施尧、下尧、太和、热心、楞上等12个村和洪惠居委会。