钟楼区因市内建于南唐时的钟楼而得名。

民国2年（1913年），常州并16区为东、南、西、北、中5区，现钟楼区属西区，包括西直、

西仓、大怀南、城一、城二、西右、北直、北半8厢。

民国18年（1929年）废坊厢，实行乡镇制。

据民国19年（1930年）出版的《武进县第一区区公所工作报告》中记述：“旧十九都一图新编乡镇名南运镇，旧一都一图新编乡镇名太平镇”。此外有卧龙镇、广化镇、广福乡、普济镇、三堡镇等7个乡镇。

民国36年（1947年）7个乡镇并为2个大镇，即荆川镇（广化镇、南运镇、广福乡）和永丰镇（太平镇、卧龙镇、普济镇、三堡镇）。

1949年4月23日常州解放，保留镇制。8月废镇划区，荆川和永丰镇废除，设立“常州市第三区公所”。

1950年撤销第三区公所。

1952年成立西区人民政府，管辖范围：东为表场

、灰弄，南至新河滩，西起西圈门，三堡街，北邻虹桥。

1955年9月，北区撤销，前后湾、荷花池、北大街、县巷、府北、县直街路南划入西区管辖。11月西区改称钟楼区。

1956年3月，撤销钟楼区建制。7月，东横街、西横街南和化龙巷的路西、小河路西划归北大街管辖。

1957年9月恢复钟楼区。

2015年4月，原武进区的邹区镇划归常州市钟楼区管辖。