西汉建元六年（前135）置堂琅县，属犍为郡；武帝置三降县，属越嶲郡。

东汉置堂狼县，属犍为属国都尉。

三国蜀汉为堂琅县，属益州朱提郡。

西晋至南朝梁为宁州堂狼县地。

北朝周属南宁州。

隋开皇年间属南宁州总管府；大业年间为东爨地。

唐初置唐兴县，唐南诏属拓东节度辖地。

宋大理国为东川郡乌蒙闷畔部地。

元为东川路辖地。元宪宗年间置闷畔万户，至元十五年（1278）置东川军民府，二十八年（1291）升东川路。至元十一年（1274）置邓州、川州、赵州、姚州。至元二十一年（1284）置乌撒乌蒙军民宣抚司，至元二十四年（1287）改置乌撒乌蒙宣慰司管军万户府，东川路均属之。至元二十八年（1291），以上邓、川、赵姚4州省入东川路。大德四年（1300）置淄都县、乌撒县，后省。明为东川府辖地。洪武十五年（138

2），东川路改置东川府，属云南布政司，洪武十七年（1384）改置东川军民府，改属四川布政司；洪武二十一年（1388）废，洪武二十六年（1393）复置东川军民府，寻自府西南马鞍山徙治万额山南。

清初沿明制，为东川军民府，属四川省。雍正四年（1726）4月，四川省属之东川军民府划归云南省，改置为东川府。雍正五年（1727）7月，于巧家汛地置会泽县，属东川府。雍正七年（1729）4月，徙会泽县治于府城。雍正八年（1730）7月，东川府属迤东道（治曲靖府）。嘉庆十六年（1811）3月，于原会泽县旧址置巧家抚彝府同知（后改设巧家厅），属东川府。

民国2年（1913），巧家厅改为巧家县，属滇中道。

民国18年（1929），裁道直属省。

民国31年（1942），属第一行政督察区（驻昭通县）。

1950年，巧家县属昭通专区。

1970年，昭通专区改为昭通地区，巧家县属昭通地区。2001年8月，昭通撤地设市，巧家县属昭通市。

1997年，巧家县辖1个镇、18个乡：新华镇、红山乡、东坪乡、茂租乡、大寨乡、小河乡、六合乡、新店乡、巧家营乡、荞麦地乡、包谷垴乡、老店乡、铅厂乡、中寨乡、崇溪乡、金塘乡、马树乡、炉房乡、蒙姑乡。县府驻新华镇。

2001年，巧家县辖1个镇、18个乡：新华镇、大寨乡、小河乡、马树乡、茂租乡、东坪乡、红山乡、六合乡、新店乡、巧家营乡、荞麦地乡、包谷垴乡、铅厂乡、老店乡、中寨乡、崇溪乡、金塘乡、炉房乡、蒙姑乡。

2002年，小河乡、荞麦地乡撤乡设镇（省政府2002年8月20日批准）；马树乡、大寨乡撤乡设镇（省政府2002年9月8日批准）。

2002年末，巧家县辖19个乡镇、180个村委会。

2003年，荞麦地镇更名为药山镇（省政府2003年3月20日批准）。

2006年，撤销巧家营乡和新华镇，设立白鹤滩镇，新设立的白鹤滩镇管辖原巧家营乡和新华镇管辖的行政区域范围，镇政府驻原新华镇政府驻地；撤销铝厂乡和老店乡，设立老店镇，新设立的老店镇。